V chirurgii je využívána LLLT pro ozařování špatně se hojících ran a jizev po úrazech a operacích. Kombinace analgetického, stimulačního a protizánětlivého účinku pozitivně ovlivňuje i komplikované léčení ran druhotně infikovaných a hnisajících. Dalšími možnostmi je léčba rozsáhlých plošných popálenin, vředů (včetně bércových), otoků, proleženin u dlouhodobě hospitalizovaných pacientů a ostatních poruch trofiky tkání, kde se s použitím laserového ozařování snižuje doba nutná k léčení.

Velký přínos pro urychlení hojení s minimalizací následných komplikací zaznamenáváme v úrazové medicíně. Laser přispívá ke snížení bolestivosti. Novou metodou je aplikace laseru k urychlení léčby fraktur.

Pro chirurgickou praxi je nejvhodnější použít laser s kombinací červené a infračervené sondy, resp. sondy o vlnové délce 670 nm. Pro plošné aplikace se doporučuje scanner.

Ortopedické aplikace jsou dány nejen analgetickými účinky laserového záření, které jsou využívány pro snížení bolestí, doprovázejících různá postižení pohybového aparátu jako vymknutí, zhmoždění, natržení svalů či šlach, bolesti v oblasti krční nebo bederní páteře aj., ale i jeho účinky stimulačními.

Experimentálně byl ověřen pozitivní účinek laserového ozařování na léčbu zlomenin, kde stimulace sama o sobě sice nepůsobí na osteosyntézu, ale vytváří příznivé podmínky pro hojení fraktury. Po použití v ortopedii (a sportovní medicíně) jsou aplikovány infračervené lasery o vyšším výkonu, cca 40 - 100 mW, které zaručují průniku do hlubokých tkáňových struktur.