S ohledem na výrazně oslabený nespecifický i specifický obranný mechanizmus organizmu, dochází k výraznému zvýšení nebezpečí patogenní bakteriální kontaminace organizmu.

Proto ihned po přijetí postiženého na lůžko provádíme odběr materiálu na bakteriologické vyšetření, včetně citlivosti na antibiotika, sputa, moče a stolice, výtěr nosohltanu, případně otevřených ran. Tato vyšetření podle potřeby opakujeme.

V případě septických komplikací nebo při dlouhodobě přetrvávajících, farmakologicky obtížně zvládnutelných vysokých teplotách, odebíráme krev na vyšetření hemokultury.

Při podezření na mykotickou kontaminaci provádíme rovněž odběr příslušného materiálu na tyto patogeny.