Zatímco dicentrické chromozomy a kroužky lze analyzovat v lymfocytechobarvených jednoduchým chromatin specifickým barvivem, jako je Giemsa, translokace vyžadují sofistikovanější přístup. Nejběžnější metodou je nyní FISH (Fluorescenční hybridizace in situ), kde jsou DNA sondy specifické pro každý z 23 chromozomů značeny různými fluorofory (typy fluorescenčního barviva) a poté hybridizovány s jejich příslušnými chromozomy (připojeny k nim), takže se každý původní chromozom barví specifickým fluoroforem. Chromozomy, které se skládají z materiálu z různých původních chromozomů, lze snadno identifikovat na základě barevného rozdílu.

Translokace mezi chromozomy označena šipkami, detekce metodou FISH

Tato metoda je ovšem dražší a vyžaduje více zručnosti a zkušenosti než analýza nestabilních chromozomových aberací, avšak výhodou je, že lymfocyty s translokacemi zřejmě nepodléhají selekci a proto se jejich počet s časem nemění. Dokonce i dnes, více než 60 let po explozích  atomových bomb v Hirošimě a Nagasaki, mají osoby ozářené v této době zvýšenou hladinu translokací. Vzhledem k požadavkům metody však analýza translokací poskytuje spolehlivé výsledky pouze při dávkách převyšujících 200 mGy.